圣路易斯华盛顿大学生物医学工程硕士提供两个学位课程：工程硕士学位，以及理学硕士学位。理学硕士学位的学生将获得严格的科学教育，由专业的教师领导，为他们在行业或高级学习中的工作做好准备。学生可选择论文路线或非论文路线。选择论文路线的学生需要完成24个课程学分，其余为论文研究；选择非论文路线的学生需要完成30个课程学分。