杜克大学工程学院提供两个生物医学工程专业的学位，分别是Master of Engineering (MEng) in Biomedical Engineering和Master of Science (MS) in Biomedical Engineering。

生物医学工程硕士（工程硕士学位）是一门以就业为导向的课程，能够帮助学生加深对科技的理解，发展他们在职业生涯里所需的商业领导与管理才能。学生将参加专业技术课程以及商业领导与管理课程，并且还需要参加实习来获得这个学位。

生物医学工程硕士（理学硕士学位）为学生提供严格的专业学习和研究，以推动学生的职业生涯来发展新的生物医学技术。此课程适合有意在生物医学工程的科技发展和产品设计等领域发展的学生，通过跨学科的训练，学生将获得实用的经验和项目管理技能。