佩珀代因大学应用金融理学硕士项目被认为是全国最好的金融硕士项目之一，为期12个月或15个月。佩珀代因大学应用金融理学硕士项目的特色在于跨学科性，为经济学、定量分析、会计和金融学提供了坚实的基础。应用金融硕士项目优先考虑实际工作的能力，是真正意义上的“应用”，这些技能对于那些追求金融职位或专业证书的学生来说极为有利。学生还可以通过应用金融硕士项目获得MBA学位。学生可以选择的专业方向包括房地产、财务管理、投资。房地产方向注重房地产金融和投资，使学生具备资产管理的能力，让学生深刻了解到房地产是组合投资、商业评估、股权分析和财务建模的组成部分；财务管理方向讨论与企业融资相关的课题。必修课程包括金融战略问题、资本市场、营运资本管理、兼并与收购；投资方向着重培养学生在商业评估、股票分析和投资银行等方面的专业技能，从而适应社会的人才需求。此外，还帮助学生准备注册金融分析师考试（CFA）。