哈佛大学计算科学与工程理学硕士项目是为期一年的高强度授课型硕士项目，由应用计算科学研究所开设，致力于严格培训学生的数学与计算机基础。哈佛大学计算科学与工程理学硕士项目除了开设基础课程，还将开设聚焦于计算机应用中某一或多个核心领域的独立型研究项目与相关选修课。哈佛大学计算科学与工程理学硕士项目的学生将能够构建并运用计算技巧解决相关真实问题，能够评估一个问题的多种计算方法并从中选择最优途径并且制定出易于理解与运用的问题计算方案。哈佛大学计算科学与工程理学硕士项目的学生也能够开展跨学科交流与团队合作，能够在综合考虑效率、成本与可用数据的基础上构建合适的系统模型以及利用计算分析可再生数据。此外，哈佛大学计算科学与工程理学硕士项目的学生还将学会运用并行与分布式计算方法，建立稳固、可靠与可维护的软件与计算构件，最终在研究领域取得突破。